La mission du service de comptabilité est de recouvrer les recettes et de procéder au paiement des dépenses de l'université. Elle tient également la comptabilité de l'établissement et produit à ce titre annuellement le compte financier. Enfin l'agent comptable est responsable de la conservation des fonds et valeurs appartenant à l'Université.

L'Agent comptable est un comptable public nommé sur proposition du président de l'Université par arrêté conjoint du ministre de l'éducation nationale et du ministre du budget. Conseiller du président ou du directeur en matière financière et comptable, il apporte son aide dans le pilotage de l'établissement et contribue à la prise de décision. Il est un acteur de la modernisation de la politique budgétaire et financière de l'établissement. Il est chargé du recouvrement des recettes du paiement des dépenses de la conservation des fonds et valeurs de l'établissement du maniement des fonds et des mouvements de comptes de la conservation des pièces justificatives de la tenue de la comptabilité.